Málstofa efnafræðiskorar 15. maí kl. 12:30

Almennt, Málstofur efnafræðiskorar Comments (0)

Efnafræðiskor Háskóla Íslands kynnir málstofu:  

Haraldur Garðarsson

Meistaraprófsfyrirlestur–MS Thesis Lecture

Ç^f as a universal SNP probe

Staður (Place):                           Stofa VR-II 158, Háskóli Íslands, Hjarðarhaga 2-4.

Dagsetning (Date):                        Föstudagur 15. maí 2009.

Tími (Time):                                      12:30.

Fyrirlesturinn verður á ensku   (The talk will be given English).

Abstract

The fluorescent nucleoside (fluoroside) Ç^f is a cytosine-analogue that forms a stable base pair with deoxyguanosine in duplex DNA. Upon incorporation of the fluoroside into double stranded DNA, it retains most of its fluorescence. Furthermore, the fluorescent signal is different depending on the nucleotide that Ç^f is base-paired to, making it able to identify its base-pairing partner. These abilities make it a promising candidate for single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping. A preliminary study showed that the flanking sequence, i.e. the nucleotides immediately flanking the 3´ and 5´ side of the fluoroside, affected the emission of Ç^f (Cekan P and Sigurdsson ST (2008), Chem. Comm., 29, 3393-3395). We were therefore interested in examining the effects of all possible flanking sequences on the fluorescence intensity of Ç^f. We found that the flanking sequence does induce changes in the emission, but to a different degree depending on the flanking sequence in question. In fact there were three distinct levels of mismatch detection. First, in the majority of flanking sequences (10 of 16), Ç^f was capable of identifying its base-pairing partner. In the second category (3 of 16), Ç^f was able to discriminate the fully base paired duplex from the mismatches. In the last category (3 of 16), the fluoroside was not able to distinguish the fully base paired duplex from a mismatch. However in the sequences where distinction between all base-pairing partners was not possible, we were able to alter conditions, so that full discrimination was facilitated. The ability to use Ç^f in any flanking sequence makes it one of the most versatile SNP genotyping probes available today.

Ágrip

Flúrljómandi kirnisleifin (flúorósíð) Ç^f er afleiða deoxýsýtidíns og myndar stöðugt basa-par við gúanósín. Við innlimun flúorósíðsins í tvíþætta kjarnsýru (DNA), viðhelst megnið af flúrljómuninni. Að auki er hið flúrljómandi merki ólíkt eftir því við hvaða kirnisleif Ç^f er parað. Þannig getur Ç^f greint hvaða basi er á mótstæða þættinum. Þessir eiginleikar gera flúorósíðið að mjög ákjósanlegum flúrljómandi hópi til að greina SNP (e. Single Nucleotide Polymorphism), sem eru einkirnis-stökkbreytingar sem geta valdið hinum ýmsu sjúkdómum. Fyrri rannsóknir á áhrifum hliðstæðra basa, þ.e. basa sitt hvorum megin við Ç^f, bentu til þess að þeir hafa áhrif á flúrljómun (Cekan P and Sigurdsson ST (2008), Chem. Comm., 29, 3393 – 3395). Því var ákveðið að skoða áhrif allra mögulegra hliðstæðra basa á flúrljómun flúorósíðsins og 16 flúrljómandi fákirni smíðuð. Niðurstöðurnar sýndu að hliðstæðu basarnir hafa töluverð áhrif, en að mismiklu magni. Unnt var að greina áhrif hliðstæðra basa í þrjá flokka. Í fyrsta flokknum, og reyndar þeim stærsta (10 af 16), var hægt að greina nákvæmlega hvaða basi væri á mótstæða þættinum. Í næsta, var unnt að greina rétta basa-pörun við G frá mispörun (3 af 16). Í þriðja flokknum gat Ç^f ekki greint réttu basa-pörunina frá mis-pöruðu DNA (3 af 16). Aftur á móti var unnt, með því að breyta aðstæðum, greina á milli allra basa sem basa-paraðir voru við Ç^f, óháð hliðstæðum bösum. Því er unnt að nota Ç^f til þess að greina SNP, óháð hliðstæðum bösum.

Soffia @ May 11, 2009